Apt-get e Synaptic com proxy autenticado no Ubuntu

No menu do Ubuntu, vá em Sistema/Preferências/Proxy da Rede
Marque Configuração manual do proxy, entre com os dados do proxy e clique em Detalhes para colocar usuário e senha. Clique em aplicar a todo sistema.

Sistema/Administração/Gerenciador de Pacotes Synaptic
Configuração/Preferências, aba Rede
Faça a mesma coisa:

Se tudo der certo, seu navegador estará utilizando o proxy normalmente (verifique as configurações de rede dele).
O Synaptic também funcionará, mas não o apt-get no terminal (mensagem 407 Proxy Authentication Required).
Para resolver isso, edit o arquivo /etc/apt/apt.conf

Acquire{
HTTP::proxy "http://usuario:senha@ip_proxy:porta";
FTP::proxy "ftp://usuario:senha@ip_proxy:porta";
HTTPS::proxy "https://usuario:senha@ip_proxy:porta";
}

Fazendo as devidas substituições.

Fontes:
E-Fábrica
http://wiki.ubuntu-br.org/AptGet
Viva o Linux